La vicenda è ambientata nel 1949, in un Giappone che sta ancora faticosamente cercando di ricostruirsi dopo i traumi della Seconda Guerra Mondiale e dopo il precedente passaggio del mostro. La ricomparsa di Godzilla costringerà i due protagonisti, l'ex pilota Koichi e Noriko, a una nuova e disperata lotta per la sopravvivenza.